Der Spitzenverband der Krankenkassen erwartet im Gesundheitsfond ein Milliardenloch sowohl 2009, wie auch 2010. Nach Schätzungen des Frühjahrsgutachten der Wirtschaftsinstitute beläuft sich die Unterdeckung aufgrund der Wirtschaftskrise auf 7.6Mrd Euro.

Entsprechend der Regelung des Fonds muss die Differenz zu 5% von den Versicherten direkt über Beiträge, zu 95% von den Versicherten über die Steuer erbracht werden. Diese Regelung tritt jedoch erst in Kraft, wenn der Fonds zwei Jahre eine Unterdeckung aufweist. Die Arbeitgeber müssen bei einer Unterdeckung nicht weiter einzahlen.